Sin sobrepasar este umbral, no hay obligación de especificar este punto en el etiquetado, lo que ha sido criticado por varias organizaciones agrarias y ecologistas. Éstas consideran la nueva legislación un despropósito, pues abre la puerta a la presencia de transgénicos en ecológicos más allá de lo que técnicamente sería inevitable. Según su criterio, únicamente debería permitirse un 1%.
Por otro lado, el reglamento habla de la obligación de indicar el lugar de producción de los alimentos e informar de ese dato a los consumidores. Sólo podrán llevar el sello de ecológico aquellos alimentos que en un 95% hayan sido producidos siguiendo estos métodos de producción. Además, se han sentado las bases para añadir nuevas disposiciones en relación a la acuicultura, el vino, algas y levaduras ecológicas. De 2004 a 2005 el terreno dedicado a agricultura ecológica aumentó en un 2% y el número de operadores en un 6%. l
